En su interminable lista de películas se incluyen: Sentido y sensibilidad (1995), Smilla, misterio en la nieve (1997), Oscar y Lucinda (1997), Cabalga con el diablo (1999), La importancia de llamarse Ernesto (2002) y la aclamada La joven de la perla (2003). Entre sus papeles recientes se incluye la elogiada Olvídate de mí, con Kate Winslet y Jim Carrey; Belleza prohibida, con Billy Cudrup; Picadilly Jim, a partir de un guión de Julian Fellownes y adaptada por P.G. Wodehouse; A Good Woman, con Helen Hunt y Scarlett Johansson; Carmine Falcone en Batman Begins; Ripley Under Ground, de Roger Spottiswoode; El exorcismo de Emily Rose, junto a Laura Linney; y Laberinto de mentiras, con Emily Watson y Rupert Everett.
En teatro, el currículo de Wilkinson incluye el papel de John Proctor en The Crucible en el Royal National Theatre, el papel protagonista de El rey Lear en el Royal Court, el Dr. Stockmann en la galardonada producción Enemy of the People, al lado de Vanessa Redgrave, en el West End, y la interpretación que realizó en Ghosts y que obtuvo un premio del Círculo de Críticos. También fue aclamado en el Royal Court por sus retrato del rey Lear y, años después, por la producción Mi cama de zinc, de David Hare, con Julia Ormond.
Sus créditos televisivos incluyen el personaje Pecksniff en la serie de la BBC Martin Chuzzlewit y el de Duke en la producción de David Thacker Measure for Measure, como parte de la serie dedicada al teatro que emitió la BBC. Wilkinson fue nominado al BAFTA al Mejor Actor por su interpretación en el drama de Piers Haggard Cold Enough For Snow.