Se ha consolidado ya como una de las actrices más importantes de nuestro cine. Entre los títulos más recientes de su filmografía encontramos La Puta y la Ballena, del director Luis Puenzo, Hombres Felices, Sin Dejar Huella, No Tengo Miedo, o Un Homme un Vrai, de los directores Arnaud y Jean Marie Larrieu.

En el año 1999 trabajó a las órdenes de Vicente Aranda en la película Celos y también protagonizó Volavérunt, de Bigas Luna, quién ya había dirigido a Aitana Sánchez-Gijón en La Camarera del Titanic. En 1999, Aitana fue premiada con la Concha de Plata del Festival de San Sebastián por su trabajo en Volavérunt.

Su calidad interpretativa ha quedado plasmada en títulos como Yerma, de la directora Pilar Távora; Sus Ojos se Cerraron, de Jaime Chavarri; La Ley de la Frontera, de Adolfo Aristarain; Boca a Boca, de Manuel Gómez Pereira; El Pájaro de la Felicidad, de Pilar Miró; Bajarse al Moro, de Fernando Colomo, o en Un Paseo por las Nubes, de Alfonso Arau, donde compartía cartel con Keanu Reeves.

Por otro lado, Aitana Sánchez-Gijón fue presidenta de la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas de España entre 1998 y el año 2000.