Nació en 1951 en la ciudad francesa de Annecy. Después de 15 años como banquero de inversiones con Rothschild, Morgan Grenfell, y Francis Bouygues, en 1992 éste último le pidió que reorganizara y dirigiera CIBY 2000. Bajo su batuta, esta empresa se convirtió en la más importante compañía de servicios de producción de Europa y, entre 1992 y 1997,  produjo con gran éxito casi 40 largometrajes con algunos de los más reputados directores internacionales.

En el curso de esos cinco años, Fonlupt logró en cuatro ocasiones la Palma de Oro de Cannes con El Piano, de Jane Campion; Underground, de Emir Kustiricia; Secretos y Mentiras, de Mike Leigh; y El Sabor de las Cerezas, de Abbas Kiarostami. Además, El Piano y Secretos y Mentiras consiguieron nominaciones y galardones en las ceremonias de los Oscars y de los Globos de Oro.

Jean-François Fonlupt creó Emotion Pictures a principios de octubre de 1998.  Entre los largometrajes que ha producido J. F. Fonlupt en calidad de Presidente y Jefe Ejecutivo de CIBY 2000, podemos citar: Tacones Lejanos, Kika, La Flor de mi Secreto, Carne Trémula, dirigidas por Pedro Almodovar, Kansas City, de Robert Altman, El Pequeño Buda, Bernardo Bertollucci, El Piano, de Jane Campion, La Boda de Muriel, de P. J. Hogan, A través de los Olivos y  El Sabor de las Cerezas, de Abbas Kiarostami, Gato Blanco, Gato Negro y Underground, de Emir Kusturica, Secretos y Mentiras, de Mike Leigh, Fuego, camina conmigo y Carretera Perdida, de David Lynch, El Final de la Violencia, de Wim Wenders, Una Época formidable, de Gerard Jugnot, Casque Bleu,  y Caiga quien Caiga, me caso, de Gerard Jugnot, y La Hija de D'Artagnan, de Bertrand Tavernier.